Covid-19 : et si le pangolin n'était pas à l'origine de la transmission du virus ?

Et si le pangolin n'était plus le suspect idéal ? Dans la guerre planétaire menée contre le Covid-19, ce petit mammifère à écailles a longtemps été  soupçonné d'avoir été l'hôte intermédiaire qui aurait permis la transmission de ce nouveau coronavirus de la chauve-souris à l'espèce humaine. Le lieu le plus probable de la contamination initiale étant un marché de Wuhan, en Chine, où étaient vendus vivants des animaux sauvages.

Mais depuis plusieurs semaines, cet animal, pourchassé par les braconniers et les trafiquants, semble de plus en plus disculpé par certains scientifiques. Dernier en date, le virologue Etienne Decroly. Ce que ce spécialiste des virus émergents au CNRS à Marseille met d'abord en avant, de façon quasi-certaine, c'est que le génome du "SARS-CoV-2, rapidement identifié comme le virus à l’origine de la Covid-19, est à 96% le même que celui d’une espèce de chauve-souris", dit-il dans un entretien au Journal du CNRS. "En outre, Il ne descend pas de souches humaines connues et n’a acquis que récemment la capacité de sortir de son réservoir animal naturel qui est probablement la chauve-souris", ajoute-t-il.

Mais alors pourquoi l'origine du virus fait-elle l'objet de tant de controverses ? Pour une raison simple, "aucune épidémie liée à la transmission directe de la chauve-souris à l’homme n’a été démontrée à ce jour", explique le scientifique. Les chercheurs penchent donc plutôt pour une transmission à l’humain via une espèce hôte intermédiaire. Et le pangolin a été un temps pointé du doigt, notamment parce qu'il était vendu sur le marché de Wuhan où a éclaté la pandémie.

"Cette hypothèse pose cependant de nombreux problèmes. Tout d’abord à cause de la géographie : les échantillons viraux de chauves-souris ont été recueillis dans le Yunnan, à près de 1 500 km du Wuhan. Ensuite pour une raison écologique : chauves-souris et pangolins évoluent dans des écosystèmes différents et on se demande à quelle occasion leurs virus auraient pu se recombiner", explique Etienne Decroly. 

"Et surtout, on note que le taux d’identité entre les séquences de SARS-CoV-2 et celles issues du pangolin n’atteint que 90,3 %, ce qui est bien inférieur aux taux habituellement observés entre les souches infectant l’humain et celles infectant l’hôte intermédiaire", poursuit-il. A titre d'exemple, le génome du SARS-CoV, responsable du Sras au début des années 2000 était identique à 99,5% avec la civette, ce qui ne laissait aucun doute possible sur l'origine de la contamination. 

Retour donc à la case départ. Et les scientifiques ont beau chercher parmi les espèces animales vendues sur le marché de Wuhan, aucun virus intermédiaire n'a pu être identifié à ce jour. "Tant que ce virus intermédiaire n’aura pas été identifié et son génome séquencé, la question de l’origine de SARS-CoV-2 restera non résolue", prévient le scientifique qui détaille trois scénarios possibles. "Premièrement, il s'agit d'une zoonose. La Covid-19 est due au franchissement récent de la barrière d’espèce par le coronavirus. Dans ce cas, on doit retrouver un virus plus proche dans une espèce domestique ou d’élevage", souligne-t-il.

"Deuxième scénario, il pourrait également s’agir d’un coronavirus différent de SARS-CoV ou de MERS-CoV, qui se serait adapté à l’humain il y a déjà plusieurs années, qui aurait circulé jusqu’ici à bas bruit, et qu’une mutation récente aurait rendu plus transmissible d’homme à homme", égrène-t-il. Mais pour étayer ce cas de figure, il faudrait pouvoir analyser les échantillons viraux de personnes décédées de pneumonies atypiques dans la zone d’émergence avant le début de la pandémie.

"Enfin, il reste la possibilité que SARS-CoV-2 descende d’un virus de chauves-souris isolé par les scientifiques lors des collectes de virus et qui se serait adapté à d’autres espèces au cours d’études sur des modèles animaux en laboratoire ; laboratoire dont il se serait ensuite échappé accidentellement. Et cela ne peut être assimilée à une thèse complotiste, insiste-t-il, ajoutant que, "tant qu’on n’aura pas trouvé l’hôte intermédiaire, cette hypothèse d’un échappement accidentel ne peut être écartée par la communauté scientifique." 

Une chose est sûre, alors qu’on assiste à une course de vitesse pour la mise au point de vaccins ou de traitements, il est devenu crucial de comprendre comment ce virus a passé la barrière d'espèce et est devenu hautement transmissible d’homme à homme, "afin notamment de mieux nous prémunir des émergences potentielles de ces virus", conclut le chercheur.