Le variant britannique "dominant" sous 5 semaines ? Ce que nous apprend l’exemple du Danemark

Après plus d’un an plongé dans la pandémie du Covid-19, le monde est confronté, depuis la fin du mois de décembre 2020, à une nouvelle menace. Des variants du Covid-19, plus contagieux, ont été détectés en Afrique du Sud et en Grande-Bretagne, avant de se propager à travers le monde. Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), près de 22 pays de la zone Europe ont enregistré au moins un cas lié à cette nouvelle souche.

Toujours selon l’OMS, la nouvelle souche "pourrait progressivement remplacer les autres en circulation" dans la zone Europe, "comme observé au Royaume-Uni et de plus en plus au Danemark". Un constat partagé par le ministre de la Santé danois Magnus Heunicke, qui a récemment indiqué que le variant pourrait devenir le "virus dominant" au Danemark.

Grâce à une capacité de séquençage des souches virales supérieure aux autres pays européens, le pays scandinave a d’ores et déjà détecté 86 cas du variant britannique sur son sol entre le 14 novembre et le 26 décembre dernier. Ils représentaient 0,8% des près de 10.000 échantillons analysés. Cependant, au cours des trois  dernières semaines de 2020, ce pourcentage doublait chaque semaine, pour atteindre 2,3% lors de la dernière semaine de l’année, avec 36 cas du variant détectés sur 1582 échantillons.

Ces chiffres pourraient néanmoins être loin de la réalité, seulement 11% des échantillons positifs au Covid-19 ayant été séquencés au mois de décembre. Pour le mois de janvier, le pourcentage devrait être porté à 25, comme l’a indiqué Mads Albertsen, professeur à l’université d’Aalborg et chargé du traçage de la variante britannique. Selon lui, "il faudra entre 5 et 9 semaines pour que la variante britannique devienne dominante au Danemark".

Si le variant semble donc gagner du terrain au Danemark, qu’en est-il en France ? Pour le moment, le variant britannique n’est que très peu présent sur le territoire, avec seulement 19 cas du variant britannique et trois du variant sud-africain détectés. Pour autant, lors du point-presse de jeudi 7 janvier, le ministre de la Santé Olivier Véran a indiqué que "tous les tests PCR 'douteux'" allaient être analysés grâce au "séquençage génétique".

Néanmoins, la France a du retard dans l’analyse des échantillons, comparé à ses voisins européens. Alors que le Danemark a donc séquencé plus de 1500 échantillons lors de la dernière semaine de décembre et que l’Angleterre en réalise 10.000 par semaine, les laboratoires du centre national de recherche (CNR) en séquencent quant à eux environ 400 par semaine. Un taux extrêmement faible qui ne permet pas d’évaluer correctement l’expansion du variant britannique sur le sol français.

Dans un communiqué publié ce vendredi 8 janvier, Santé Publique France indique qu’il est "probable que la diffusion de ces variants sur le territoire national soit actuellement sous-estimée". "La présence d’au moins 2 cas de variant UK sans lien direct avec le Royaume-Uni suggère un début de transmission communautaire", ajoute en effet l’agence nationale de santé publique. 

L'autorité de santé a également indiqué que plusieurs actions étaient d'ores et déjà initiées pour "mieux évaluer et suivre la diffusion sur le territoire national de ces variants émergents", dont une enquête mobilisant un réseau de virologues hospitaliers coordonné par l'agence consacrée aux maladies infectieuses émergentes (ANRS). Une enquête qui "permettra d’obtenir une première estimation du niveau de circulation du variant britannique sur le territoire français".