Avec un nouvel algorithme, Santé Publique France met fin aux chiffres faussés des cas positifs

Des tests positifs comptabilisés deux fois. Cette erreur, qui a duré des mois, a contribué à surestimer de 6% le nombre de nouveaux malades détectés chaque jour, mais aussi certains indicateurs épidémiologiques. Par exemple, le taux d’incidence, soit le nombre de nouveaux cas positifs pour 100.000 habitants, était jusqu’ici gonflé de 12% et le taux de positivité des tests de 8%. Aujourd’hui, l’incidence se situe en France à 125 pour 100.000 habitants, tandis que le taux de positivité est estimé à 3,8%. Se rendant compte de cet écart en prenant connaissance des chiffres des Agences régionales de santé (ARS), Santé Publique France (SPF) a indiqué jeudi 20 mai avoir remédié au bug en modifiant son algorithme de pseudonymisation des données de santé. Celui-ci mis à jour ne devrait décompter désormais "qu’un seul patient lorsque celui-ci se fait tester plusieurs fois dans un intervalle de temps court, comme cela peut être parfois le cas avec le suivi renforcé des variants". 

Alors, comment une telle erreur a-t-elle été possible ? Concrètement, la base de données SI-DEP intègre les tests PCR mais aussi les tests antigéniques, aussi appelés les tests rapides, les tests salivaires et les tests PCR faisant l’objet de criblage afin d’identifier le variant responsable de la contamination. Comme le détaille SPF, "une personne peut donc être testée à plusieurs reprises, dans des endroits différents, avec des types de tests différents et dans des intervalles de temps courts". Plusieurs personnels de santé différents pouvant être chargés de rentrer ces données médicales dans le système SI-DEP, cela a pu conduire à enregistrer deux fois le même profil sans s’en rendre compte. En effet, un doublon s’opérait lorsque la saisie des informations d’un même patient n’était pas totalement identique : "Lorsque les données nominatives d’un même patient n’étaient pas saisies exactement de la même façon, deux pseudonymes différents pouvaient être générés pour une seule personne testée deux fois, sans qu’il soit possible de l’identifier comme un doublon". 

Dans son bulletin hebdomadaire, SPF explique encore que "les indicateurs ont été recalculés à l’échelle de tout le territoire, ce qui a permis l’élimination de doublons". Et qu’une "homogénéisation de la saisie des informations (passage automatique en majuscule, caractères spéciaux, etc…) et une simplification des traits d’identité retenus (nom de naissance, premier prénom, âge et sexe) pour générer le pseudonyme ont été développées pour s’assurer que, pour une même personne, le même pseudonyme soit toujours produit".

Ce bug corrigé, Santé Publique France assure toutefois que ses conséquences ont été moindres sur l’observation de l’épidémie au cours de ces derniers mois. "Cette problématique n’a pas eu d’impact sur le suivi de la dynamique de l’épidémie" notamment parce que "les décideurs disposent d’un ensemble d’indicateurs dont ceux essentiels sur l’impact (du Covid-19) sur le système hospitalier", affirme l’organisme de santé dans une note interne que s’est procuré Le Parisien (article réservé aux abonnés). Sur son site internet, SPF explique également que "la comparaison des indicateurs produits avec l’ancienne et la nouvelle méthode de pseudonymisation montre des courbes proches et des tendances similaires sans conséquence sur la dynamique de l’épidémie, son suivi et son interprétation".