Covid-19 : la traque du virus dans les eaux usées va-t-elle prendre fin ?

La France va-t-elle perdre l'un de ses principaux dispositifs pour étudier la dynamique de l'épidémie de Covid-19 sur son sol ? Le réseau Obépine, une association de laboratoires de recherche qui traque notamment le virus dans les eaux usées, pourrait bientôt arrêter sa mission. L'État a en effet chargé le laboratoire d'hydrologie de l'Anses de "renforcer la qualité du système de surveillance dans les eaux usées", selon un communiqué du ministère de la Santé, via un nouveau dispositif, baptisé Sum'Eau.

Dès le début de la pandémie, "nous avons mis en place un réseau de 150 stations, financé par le ministère de la Recherche", explique à LCI Vincent Maréchal, virologue et co-fondateur du réseau Obépine. "L'Europe a ensuite trouvé que ces systèmes fonctionnaient bien et a émis une recommandation invitant tous les États membres à développer des réseaux de surveillance similaires. La réaction de l'État français a été de créer une structure dédiée : Sum'Eau."

Or, celle-ci ne semble pas tout à fait prête à prendre le relais. Même l'Académie de médecine s'en inquiète. Dans un communiqué publié fin octobre, elle alertait sur "le retard de la mise en place de Sum'Eau, le système national de détection du virus dans les eaux usées". Selon Vincent Maréchal, ce dispositif pourrait ne pas voir le jour "avant l'été prochain, probablement".

Pourtant, le réseau Obépine doit arrêter de traquer le virus dès le 31 janvier 2022, faute de financement. "Le ministère de la Recherche a arrêté de nous financer sur ce volet en juillet", détaille Vincent Maréchal. "Dans cette période de rupture, nous avons invité le ministre de la Santé à financer notre réseau de surveillance jusqu'en octobre, puis fin janvier."

Et ensuite ? "Entre le 31 janvier et la reprise par un dispositif d'État, il y aura un trou", prévient-il. Un comble, alors que le Conseil scientifique prévoit un début d'année 2022 avec des contaminations se comptant en centaines de milliers quotidiennement. "Nous avons prévenu les collectivités. Certaines nous ont fait savoir qu'un financement propre pourrait être trouvé, avec l'idée de durer le plus longtemps possible jusqu'à ce que l'État remette en place un dispositif qui fonctionne. Mais aujourd'hui, nous suivons 40% de la population française. Ce ne sera pas le cas au 1er février."

Ce dispositif a pourtant fait ses preuves. "Nous avons détecté Omicron très tôt dans les eaux usées, donc la technique est adaptable aux variants. Des dizaines de publications internationales démontrent l'intérêt de cette approche. Nous avons été prédictifs sur la plupart des changements de tendance de l'épidémie sur les différents territoires", énumère Vincent Maréchal. "Et les coûts sont marginaux par rapport à l'information que nous apportons."

"La France a été la première à quantifier le virus dans les eaux usées, nous allons nous retrouver à être l'un des premiers pays à débrayer", déplore-t-il. "Pour des chercheurs publics, c'est triste." Dans son communiqué, le ministère de la Santé assure toutefois que "cette étude d'Obépine, financée par la Direction générale de la Santé depuis août 2021, se poursuivra en 2022". Sans plus de précisions.