Comment les virologues de l'Institut Pasteur traquent les variants du Covid-19

Le virus du Covid-19 continue de gagner du terrain. Face à cet ennemi invisible et multiple, une traque s’opère au sein des laboratoires du Centre national de référence des maladies respiratoires (CNR), rattaché à l’Institut Pasteur, pour savoir où le virus se propage sur notre territoire. Depuis le mois de décembre, des virologues suivent à la trace les différents variants du virus. Un travail de fourmi qui s’avère déterminant pour maîtriser cette nouvelle flambée épidémique, alors qu’un cas de contamination sur dix actuellement détectés dans l’Hexagone pourrait être dû au variant anglais du Covid-19, soit trois fois plus que durant la première semaine de janvier. 

Une équipe de TF1 a pu pénétrer dans cette enceinte ultra sécurisée, pour savoir comment les scientifiques procèdent pour repérer les traces de nouvelles souches et ainsi déterminer quasiment en temps réel où le virus et ses différentes souches circulent sur notre territoire.

Pour suivre à la trace le virus, les scientifiques passent au crible les échantillons de tests PCR positifs envoyés par les hôpitaux, les laboratoires et les médecins de ville. "Il faut d’abord inactiver le virus et ensuite on va pouvoir extraire l’ARN", autrement dit sa carte d’identité, explique Sylvie Behillil, responsable adjointe du Centre national de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur. "En procédant à un bon échantillonnage, région par région, avec différentes catégories d’âges et de profils de patients, cela permet d'avoir une idée relativement précise de ce qui circule", assure Sylvie Behillil.

Pour ce faire, les virologues utilisent des robots. Ces machines ultra perfectionnées, appelées séquenceurs, analysent les génomes du virus de manière à déterminer la souche à laquelle celui-ci appartient. Chaque semaine, 1500 échantillons sont disséqués dans ce laboratoire. "Le séquençage permet de faire apparaître les différentes mutations du virus, ce qui permet de savoir de quel variant il s'agit", explique Frédéric Lemoine, bio informaticien à l'Institut Pasteur. Ce jour-là, sur la quarantaine d’échantillons, les chercheurs ont repéré trois variants anglais. Une fois identifiés, reste encore à déterminer leur dangerosité.

Pour évaluer la viralité du virus, les chercheurs utilisent des anticorps développés par des patients guéris. "Ce qu'on a pu constater jusqu'à présent, c'est que les sérums de patients qui ont déjà été infectés apportent une bonne réponse pour neutraliser le variant anglais", explique Olivier Schwartz, directeur de l'Unité virus et immunité à l'Institut Pasteur. Mais les inquiétudes se portent davantage sur le variant sud-africain. Ce dernier résisterait davantage aux anticorps que le variant anglais, selon les premières observations.