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Variants du virus : séquence-t-on moins de 1% des tests positifs en France ?

Caroline Quevrain
Publié le 30 novembre 2021 à 17h15
JT Perso

Source : JT 20h Semaine

SURVEILLANCE – Le candidat au congrès LR Philippe Juvin a critiqué le manque d’anticipation français en matière de surveillance du virus et expliqué que seuls 0,9% des prélèvements sont séquencés pour y identifier les mutations présentes. Un chiffre qui ne reflète pas l'activité réelle du séquençage.

Avant même la découverte du premier cas du variant Omicron en France ce mardi 30 novembre, la Direction générale de la Santé (DGS) a insisté sur l’importance de la surveillance des personnes arrivées d’Afrique australe et ayant été testées positives au Covid. "Le séquençage des prélèvements de ces patients est priorisé ou en cours d’organisation afin de disposer d’une confirmation diagnostique dans les meilleurs délais", a indiqué la DGS dimanche soir, dans un communiqué. 

L’occasion pour Philippe Juvin de critiquer lundi la surveillance en France du virus et de ses variants. "Un an et demi après, on ne séquence que 0,9% des prélèvements, là où les Britanniques en séquencent 10%", a assuré le candidat au congrès LR et médecin de profession, au micro d’Europe 1. Concentrons-nous sur le cas français : pour avancer de tels propos, Philippe Juvin se fonde sur les données récoltées par la plateforme Gisaid, qu’il cite dans cet extrait. Mais cette source ne peut ici représenter l’activité de séquençage des tests faite aujourd’hui en France. Explications.

Les études Flash, une "photographie exacte" du virus

Il faut d’abord rappeler en quoi consiste le séquençage. Utilisée pour surveiller l’évolution du virus, cette technique de laboratoire permet d'analyser les tests PCR positifs au Covid et de détecter les mutations du génome du virus. À la différence du criblage qui détecte des variants déjà identifiés, le séquençage "permet de les confirmer, de détecter de nouveaux variants émergents, et d’en préciser les mutations qui les caractérisent", selon Santé publique France (SPF). Car à ses côtés, il existe deux autres outils de surveillance : le criblage systématique des tous les tests PCR positifs et les enquêtes Flash, réalisées par Santé publique France sur un échantillon de tests positifs et sur l’ensemble du territoire. 

Ce sont ces enquêtes Flash qui constituent "la source la plus importante" pour la recherche car elles "donnent une photographie exacte" des types de virus, estime Etienne Simon-Loriere, chercheur à l’institut Pasteur et responsable du groupe Génomique évolutive des virus à ARN. Quatre plateformes sont aujourd’hui habilitées par le ministère de la Santé pour séquencer les tests PCR que leur envoient les laboratoires : le Centre National de Recherche (CNR) Institut Pasteur, l’Hôpital Henri Mondor des hôpitaux de Paris, le CNR Hospices Civils de Lyon et l’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) de Marseille. 

1,6% des cas séquencés...sur toute l'année

Pour affirmer que seuls 0,9% des tests positifs se retrouvent séquencés en France, Philippe Juvin se base donc sur la plateforme Gisaid (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data). Celle-ci recense les différentes séquences réalisées par les pays et aide ainsi à la recherche sur les différentes mutations du virus observées dans le monde. Plus de 5,5 millions de séquences ont ainsi été partagées sur le site depuis le 10 janvier. La France, elle, a mis à disposition 123.225 séquences depuis cette date, représentant 1,6% de ses cas testés positifs. Or, ce chiffre correspond non pas au séquençage effectué en temps réel par les laboratoires français mais à une moyenne calculée sur l’année entière.

"Ça reflète l’ensemble de la pandémie mais ça ne correspond pas à la réalité", abonde Etienne Simon-Loriere, qui décrit une activité très disparate au fil des mois : "Pendant cette année, on a été à presque 100% de séquençage quand il y a eu une baisse de la circulation du virus et puis parfois 40 ou 50%, parfois moins. On est donc loin des 1% des cas, qui sont artificiellement bas sur toute l’année". En effet, l’activité de séquençage des tests PCR a accusé un retard certain dans le pays, comme en témoignait le chercheur au CNRS Samuel Alizon en février dernier, avant de s'intensifier au printemps. 

Activité réelle de séquençage du Covid basée sur le nombre de prélèvements reçus - Consortium Emergen

Pour avoir une idée plus juste du séquençage mené en France, il vaut mieux s’intéresser aux chiffres du consortium Emergen. Piloté par Santé publique France et l’ANRS, l’Agence nationale de recherches sur le sida et les hépatites virales, Emergen se charge de la surveillance génomique du virus et publie chaque lundi ses données sur le séquençage national. D’après les dernières données consolidées, sur les 51.343 cas de Covid détectés en semaine 44 (du 1er au 7 novembre), 6284 d’entre eux ont été séquencés la semaine suivante, du 8 au 14 novembre. Soit 12,2% d’entre eux. 

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Pour le chercheur Etienne Simon-Loriere, le système de surveillance actuel du virus est "largement suffisant". Tout l’enjeu selon lui est de "trouver le juste milieu pour séquencer assez mais pas trop : cela entraine des coûts mais aussi une quantité de données à traiter, qui ne doivent pas être redondantes pour pouvoir faire des analyses qui sont pertinentes". À ce jour, les autorités européennes recommandent plutôt de séquencer 5 à 10% des infections, d'après Santé publique France. 

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