Covid-19 : la présence du variant Omicron est-elle sous-évaluée en France ?

C'est un variant qui préoccupe le monde entier. Depuis sa première détection en Afrique du Sud, le 24 novembre dernier, il n'a pas arrêté de se propager, présent en quelques jours sur tous les continents du monde. 

En France, le nombre de cas serait de 130 selon les données du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) du 14 décembre, de 133 selon le porte-parole du gouvernement Gabriel Attal sur Franceinfo. 

Par rapport à son voisin anglais cependant, ce nombre de cas semble faible. En effet, au Royaume-Uni, le nombre de cas officiel lié au variant Omicron était de 3137 dimanche, selon les données du NHS, l'autorité sanitaire locale. Selon une intervention du ministre de la Santé anglais sur Sky News, le variant représenterait déjà 40% des contaminations à Londres. De même, au Danemark, 3169 cas de variant Omicron étaient recensés, au 14 décembre, bien que l'ECDC n'en recense que 268.

Or, contrairement au Royaume-Uni ou au Danemark, la France séquence beaucoup moins. Selon les déclarations de Gabriel Attal mardi matin, en France, "on fait plus de 10.000 séquençages par semaine". Parallèlement, au Royaume-Uni, le nombre de tests séquencé, en moyenne sur le mois de novembre, tournait autour de 55.000 séquençages par semaine, selon les données recueillies par le consortium anglais "Covid-19 genomics UK consortium".

Pour autant, pour Etienne Simon-Loriere, chercheur à l’institut Pasteur, la différence du nombre de cas détectés de variant Omicron entre la France et le Royaume-Uni ne s'explique pas par un défaut de séquençage en France. "Il y a des efforts qui sont très intenses de séquençage et de criblage qui font que nous sommes en mesure déjà de voir les premiers cas" du variant Omicron assure le responsable du groupe Génomique évolutive des virus à ARN.

Si Etienne Simon-Loriere reconnait le "décalage clair sur la circulation d'Omicron" en France par rapport au Royaume-Uni, il l'explique surtout par un aspect purement épidémiologique. "Il y a moins de contact historiquement entre la France et l'Afrique du Sud et l'Afrique du Sud et l'Angleterre par exemple. Dans l'autre sens, il y a un autre variant qui s'appelle B-B640, qui circule beaucoup en France et quasiment pas en Angleterre ou au Danemark, et qui lui, vient d'un pays d'Afrique francophone", souligne-t-il.

Pour autant, ce décalage tend à se rattraper constate le chercheur. "Pendant la dizaine de jours qui précédent, il y a eu pas mal de détections d'Omicron, mais à chaque fois, il y avait une notion de voyages chez les personnes, c'était vraiment des individus qui étaient soit directement en contact, soit qui revenaient des pays où il y a de l'Omicron. Là, on entre dans la seconde phase, on va commencer à détecter et on va assister à cette augmentation, très probablement avec le même rythme qu'on peut voir en Angleterre ou au Danemark, qui va être rapide", détaille Etienne Simon-Loriere. 

Une observation qui rejoint le dernier avis du Conseil scientifique, rendu public le 13 décembre. Celui-ci expliquait alors que les premières informations disponibles sur le variant Omicron suggéraient qu'il pourrait "circuler en Europe plus rapidement que prévu initialement". Selon l'instance, ce nouveau variant pourrait donc remplacer "progressivement le variant Delta dans les premières semaines de 2022".