Covid-19 : et si le nombre de cas quotidiens était surestimé ?

L'information, relayée ce dimanche sur le compte du fondateur de CovidTracker, a de quoi interpeller à l'heure où les indicateurs de l'épidémie attestent d'une progression constante à travers tout le territoire, et même très active dans certains départements. "Le nombre de cas en France serait, depuis plusieurs semaines, surestimé, en raison d’un problème lors du dédoublonnage des tests", a ainsi indiqué Guillaume Rozier sur son compte Twitter.

Sans préciser d'où lui viennent "ses informations",  l'ingénieur en informatique spécialisé dans le traitement des masses de données a ajouté que "Santé publique France travaille à résoudre ce problème" et que "les données seront mises à jour." Ce qu'a confirmé par ailleurs Le Parisien qui s'est également fait l'écho de ce biais ce 14 mars et auprès duquel l'agence sanitaire a effectivement reconnu "un écart". Mais quel est son ordre de grandeur ? D'autres indicateurs sont-ils impactés ? Cela remet-il en cause l'évaluation globale de la dynamique épidémique actuelle ? On fait le point.

"Pour résumer, on a probablement pas 22.200 cas chaque jour, mais un peu moins de 20.000", poursuit Guillaume Rozier sur Twitter, évoquant un niveau du taux d'incidence "donc 10% trop élevé" et l'amenant à déduire que "ça ne change pas fondamentalement l’appréhension de la situation."

Mais cet écart varierait selon les départements "de façon proportionnelle à la part de tests antigéniques parmi les cas positifs" souligne de son côté Le Parisien citant "un acteur au cœur du système". Ce qui signifie qu'il pourrait atteindre jusqu’à 20 % dans certains territoires, et être quasi nul dans d’autres, sans toutefois que Santé Publique France soit en mesure pour l'heure de confirmer ou de démentir ces ordres de grandeur. Au niveau national, le taux d’incidence se situerait donc plutôt autour de 206 et non de 227 comme relayé actuellement.

"Je tiens à préciser que cela ne devrait pas remettre en cause l’évolution du taux d’incidence (hausse, baisse) mais uniquement son niveau", a en outre spécifié le fondateur de CovidTracker. Informé de ce biais, le ministère de la Santé estime que ce dernier ne remet pas en cause l'évaluation globale de la dynamique épidémique actuelle. "On a toujours raisonné en termes de seuils, mais aussi de dynamique et de part de variants, qui ne sont pas impactés", explique ainsi une source auprès du Parisien. "La dynamique est exactement la même", abonde une autre. En résumé, quand l’incidence augmente, c'est aussi bien le cas concernant le chiffre biaisé que le chiffre réel.

Autre précision d'importance : les chiffres relatifs aux hospitalisations ne sont pas impactés par ce problème lié au "dédoublonnage des tests", mais ont en revanche l'inconvénient de témoigner de la situation épidémique dix à quinze jours plus tôt. 

D'après le Parisien, l’incident a d’abord été remonté par les cellules régionales de Santé publique France, de part leurs échanges avec les Agences Régionales de Santé (ARS). Ces dernières "se sont rendu compte qu’il commençait à y avoir un écart entre les taux d’incidence de Santé publique France et ceux annoncés région par région", résume-t-on auprès du quotidien. C'est ainsi des analyses "ont permis d’identifier un écart lié à l’étape de dédoublonnage lors de la pseudonymisation des données", lui a indiqué Santé publique France. 

En clair, depuis la fin du mois de janvier, alors qu’une grande majorité de prélèvements sont désormais "criblés", afin de déterminer la présence de variant ou non, il arrive qu’un autre pseudo soit généré pour une même identité lors du test RT-PCR de criblage si celle-ci n’est pas reconnue par la base de données Si-Dep. D'où le doublon qui s'ensuit dans le nombre de cas positifs.

Toujours auprès du quotidien, l'agence sanitaire, contactée dès vendredi 12 mars, assure qu'une fois le problème résolu, elle mettra "à jour les données en toute transparence, comme pour toutes les évolutions qui sont menées" depuis le début de la pandémie. Le dernier en date remonte pour rappel à début décembre lorsqu'un changement dans la définition des personnes testées avait impacté cette fois le taux de positivité.