VIRUS - Une mutation du virus détectée à la mi-février à l’hôpital de Créteil se retrouvait début mars dans près de 2% des cas positifs de l’enquête flash de Santé Publique France. Voici ce que l’on sait sur ce nouveau variant.
Parmi les nombreuses mutations du virus SRAS-CoV-2, certaines inquiètent plus que d’autres. Ça a été le cas, à raison, du variant d’origine britannique qui s’avère plus contagieux, plus susceptible de conduire à une forme grave et qui représente aujourd'hui 76% des contaminations, selon Santé Publique France (SPF). C’est peut-être aussi le cas d’un variant découvert au CHU Henri Mondor de Créteil, par le biais de la plateforme de séquençage génomique pilotée par Santé Publique France et dont le rôle est d’identifier et de surveiller les variants du virus.
Début février, un variant jusqu’ici inconnu est alors détecté sur quatre personnes au sein de l’hôpital Albert-Chenevier, situé non loin de là et appartenant au CHU. "C’est l’apparition d’un cluster survenu dans un hôpital voisin du nôtre qui a montré que ces quatre personnes étaient infectées par un nouveau virus", nous détaille le Pr Jean-Michel Pawlotsky, chef du service de virologie de l’hôpital Henri Mondor. Le virologue et son équipe font rapidement remonter l’information à Santé Publique France, avec qui ils travaillent à séquencer un millier de génomes par semaine, ainsi qu’à ses collègues des quatre coins de la France. La mutation nouvelle est alors retrouvée sur un patient en Dordogne, puis dans un Ehpad de Bretagne, aux origines d’un foyer de contagion. De quoi placer le "variant Henri Mondor" sous surveillance, bien qu'aucun des 190 personnes contaminées n'ait développé de forme plus grave que la moyenne. "C’est devenu un variant d’intérêt, avec une transmission communautaire, c’est-à-dire entre personnes n’appartenant à aucun cluster", confirme Jean-Michel Pawlotsky.
1,8% des cas de la dernière enquête Flash
Dans un communiqué diffusé ce mardi 30 mars, l'Assistance Publique-Hôpitaux de Paris donne quelques précisions sur le parcours de ce variant, qui "circule aujourd’hui activement en France" : "Dans les quatre semaines qui ont suivi sa découverte, le nouveau variant 'Henri-Mondor' a été trouvé chez 29 patients d'origines géographiques diverses (Île-de-France, Sud-Est et Sud-Ouest de la France). Sa fréquence de détection a continué à augmenter depuis avec l’identification de plusieurs clusters et il est de plus en plus fréquemment retrouvé dans les prélèvements testés par la plateforme de l’hôpital Henri-Mondor AP-HP." Ainsi, d’après la dernière enquête Flash datée du 2 mars et réalisée par Santé Publique France - qui séquence des prélèvements d’échantillons positifs au Covid-19, choisis de manière aléatoire - cette mutation représentait 1,8% des souches séquencées en France tandis que le variant anglais était retrouvé dans 63% des tests.
Reste à savoir ce que donneront les prochaines enquêtes, réalisées tous les quinze jours. D’après leurs résultats, le variant sera classé ou non comme préoccupant. "Ce n’est pas le nombre de cas à un instant T qui importe, mais l’évolution dynamique" du virus, souligne le Pr Pawlotsky, pour qui "deux points ne suffisent pas pour dessiner une tendance, il en faut trois". Selon la classification de l’Organisation mondiale de la Santé, les variants du SRAS-CoV-2 sont désormais évalués selon leur dangerosité. Ils sont alors considérés comme à suivre -ce sont les variants d’intérêt- ou déjà préoccupants (voir tableau de Santé Publique France ci-dessous). En réalité, "tous les variants sont à surveiller jusqu’à leur disparition", avance Jean-Michel Pawlotsky. "Certains variants vont disparaitre, d’autres vont augmenter en proportion. C’est comme un sondage d’opinion en politique : on échantillonne et on regarde les évolutions."
Autre caractéristique non-négligeable, le "variant Henri Mondor" est porteur de 17 à 18 mutations. Soit autant de risque d’être résistant à un vaccin développé contre le Covid-19. "Il y a un aspect qualitatif à prendre en compte : certaines mutations peuvent être plus inquiétantes que d’autres. Mais l’aspect quantitatif est aussi très important : plus un virus est porteur de mutations, plus ces mutations peuvent échapper aux anticorps neutralisants", selon le Pr Pawlotsky. D’autant que sept à huit d’entre elles se trouvent directement sur la protéine "Spike", cette enveloppe permettant au virus de pénétrer dans les cellules et ciblée par les anticorps. Également présentes sur ce variant, "les mutations N501Y et L452R, déjà observées sur d’autres variants viraux, semblent améliorer l’interaction de la protéine 'spike' avec son récepteur et diminuer l’action des anticorps neutralisants", indique l'AP-HP.
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Si l’hôpital Henri Mondor a déjà prévu d'observer les propriétés du virus en laboratoire pour déterminer s'il est plus infectieux que les autres, l'AP-HP prévient dans son communiqué que "de nouvelles études seront nécessaires pour savoir si le variant 'Henri-Mondor' est plus, autant ou moins contagieux que les autres variants connus, s’il est aussi bien détecté par les différents tests virologiques, s’il est associé à des formes cliniques de sévérité différente et/ou si sa sensibilité à l’action des traitements antiviraux et à la protection vaccinale est altérée par la présence de ses nombreuses mutations."