Le variant Omicron est-il déjà majoritaire en Ile-de-France ?

À mesure qu'on en apprend un peu plus sur lui, on craint son arrivée. Depuis ce dimanche 19 décembre, des internautes s'inquiètent de l'avancée fulgurante du variant Omicron, et notamment en Île-de-France. Chiffres à l'appui, certains assurent même que ce variant initialement repéré en Afrique du Sud soit devenu majoritaire en région parisienne. Qu'en est-il réellement ? 

Comme le rappelle Santé publique France dans un document portant sur les risques liés aux variants émergents, une "surveillance accrue a été mise en place en France afin de suivre de manière plus sensible et plus réactive" la propagation du variant Omicron sur le territoire. Pour ce faire, on ne le cible pas à proprement parlé, Omicron ne portant "aucune des mutations incluses dans la stratégie de criblage actuellement déployée en France". C'est au contraire l'absence d'une de ces trois mutations recherchées par criblage - la L452R - qu'on arrive à "suspecter ce variant".

C'est en suivant cette méthode que l'agence nationale de santé publique peut connaitre et mettre en ligne le nombre de tests pour lesquels on suspecte la présence de ce variant. Or, les derniers chiffres en date montrent bel et bien une explosion inquiétante de ce variant, et notamment en Île-de-France. Du 10 décembre au 16 décembre, la mutation L452R était absente de 19,3% des tests. Soit une multiplication par sept du nombre de cas par rapport à la semaine précédente (le variant Omicron représentait alors 2,9% des tests). 

Un phénomène encore plus frappant dans la capitale. Sur la même période, cette mutation était absente de plus d'un quart des tests (27,2%). Une semaine avant, cela concernait seuls 3,7% des dépistages. 

Indéniablement, le variant Omicron connaît une croissance très rapide en région parisienne... Sans toutefois que ces chiffres officiels ne montrent qu'il soit déjà majoritaire dans la population. Sauf que ces données comportent plusieurs biais. À commencer par le fait qu'elles ne représentent qu'un échantillon de la totalité des tests réalisés dans la capitale. Aujourd'hui, les autorités sanitaires analysent moins d'un cinquième (16%) des tests PCR, et ne séquencent pas du tout les dépistages antigéniques, comme nous vous l'expliquions déjà ici. Si les chercheurs et autorités sanitaires s'accordent à dire que cet échantillon suffit pour refléter l'avancée d'un variant, il peut tout de même comporter certaines marges d'erreurs.

Par ailleurs, un autre problème de taille de ces chiffres, c'est leur retard. Santé publique France ne propose en effet que des données "lissées" sur une semaine, c'est-à-dire en faisant la somme des sept derniers jours glissants. Or, ce procédé provoque un retard de trois jours sur les remontées des laboratoires. Les dernières données actualisées remontent à jeudi dernier.

D'autre part, cette technique provoque une sous-estimation des chiffres les plus récents, impactés par ceux du début de semaine, comme nous l'explique Florence Débarre. Chercheuse au CNRS, elle plaide pour une actualisation quotidienne des données afin de ne pas "manquer le décollage" de ce variant. D'autant que si disposer des données journalières permet de lisser les chiffres, l'inverse est impossible. Il s'agit dès lors d'une "perte d'information", regrette-t-elle. 

Un ingénieur a donc tenté de trouver un calcul pour palier à ce manque de renseignements. Pour ce faire, comme il l'explique ici, il a tenu à évaluer les valeurs de chaque date à partir des données publiques de Santé publique France. De quoi donner une idée approximative des résultats quotidiens. Cette méthode permettait ainsi d'estimer ce taux à 12,5% le lundi 13 en Île-de-France, quand les données lissées disaient 8,7%. 

Un chiffre qui n'est qu'une estimation, mais qui correspond à ce que l'on sait du variant Omicron. Les autorités sanitaires au Royaume-Uni ont ainsi alerté sur ce variant dont les cas "doublent tous les deux ou trois jours". Avec un variant déjà présent sur un quart des tests la semaine dernière, il ne serait pas étonnant qu'Omicron ait profité du week-end pour devenir majoritaire. Il faudra cependant attendre le milieu de semaine pour en être certain. 

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