VIDÉO - Variant Omicron : du porteur au laboratoire, comment le premier cas français a été identifié

TF1 | Reportage M. Verron, É. Boucher
Publié le 1 décembre 2021 à 12h25

Source : JT 20h Semaine

ÉPIDÉMIE - Le premier patient atteint du Covid-19 en France a été recensé à La Réunion, a-t-on appris mardi. Le 20H de TF1 détaille la méthode utilisée par le système de soin français pour attester de ce premier cas.

La France compte désormais un cas du variant Omicron, qui inquiète la planète, a-t-on appris mardi 30 novembre du docteur Patrick Mavingui, microbiologiste et directeur de recherche au CNRS.

C'est lors d'un test à l'arrivée à l'aéroport de Saint-Denis de la Réunion qu'a été identifié le premier cas sur notre sol. Mais comment cette découverte a-t-elle été réalisée ? Le 20H de TF1 remonte le fil.

Tous les passagers en provenance de l'étranger sont systématiquement dépistés. Parmi eux, ce lundi, un homme de 53 ans revenant d'un voyage en Afrique australe semble pouvoir être porteur du nouveau variant. Souffrant de maux de tête et douleur musculaire, il est placé à l'isolement.

"On a été informés le dimanche, par l'Agence régionale de santé (ARS) et Santé publique France, qu'il y avait des échantillons suspectés, qui pouvaient éventuellement porter le variant Omicron", précise Dr Patrick Mavingui, microbiologiste et directeur de recherche au CNRS, dans la vidéo en tête de cet article. Et le médecin d'ajouter : "Donc, on s'est mobilisés dimanche pour aller récupérer les échantillons et les séquencer ensuite".

L'indispensable méthode du séquençage

Mais l'opération est longue : pour détecter la présence d'un variant, un simple test PCR ne suffit pas. Un prélèvement doit être passé au crible par des laboratoires spécialisés qui réalisent ce que l'on appelle un séquençage.

C'est dans une plateforme comme celle dont dispose l'Hôpital Henri Mondor (AP-HP), à Créteil, dans le Val-de-Marne, que sont menées ces opérations complexes. Le virus y est extrait des tests, découpés en milliards de petits morceaux avant de se retrouver sur une plaque de verre. 

"Des virus sont fixés sur cette plaque de verre et vont pouvoir être lus par la caméra du séquenceur", détaille le Dr Christophe Rodriguez, responsable de la plateforme de séquençage à l'Hôpital Henri Mondor (AP-HP). 

Puis, pendant 11 heures, la machine va analyser la composition du virus, laquelle va "être comparée à une composition classique. Et s'il y a des différences, on va appeler cela des mutations, qui vont nous permettre de savoir qu'il s'agit d'un variant ou d'un autre", poursuit le spécialiste.

Au total, il faudra 5 jours au laboratoire pour identifier le variant en question. Chaque semaine, plus de 6000 séquençages sont effectués en France afin de surveiller les mutations du virus et, à l'avenir, la propagation du variant Omicron. 

Aucun autre cas n'a pour l'heure été confirmé à La Réunion, mais des analyses sont toujours en cours. 


TF1 | Reportage M. Verron, É. Boucher

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